O verdadeiro líder da Akatsuki mostrado recentemente no mangá (ao contrário de muitos entendimentos errados) foi Pain, sendo que o mentor por trás da organização foi Tobi, que foi um dos fundadores da organização, junto de Yahiko. Essa organização tem por meta a coleta de todos os bijuus, criaturas compostas unicamente de chakra (チャクラ chakura?). Inicialmente o número de componentes era de dez ninjas, porém seu número de integrantes acabou por ser reduzido com a fuga deOrochimaru da organização, e a captura de Hidan, e também pelas mortes de Kakuzu, Deidara, Itachi Uchiha, Kisame Hoshigake, Konan, Nagato e Sasori sendo este último substituído por Tobi.
Cada membro da Akatsuki possui uma bandana (額当て hitaiate?, lit. valor atribuído) de seu vilarejo de origem com um risco transversal feito para simbolizar a deserção e o ódio por sua vila natal, um anel identificando suas posições na organização, um chapéu de palha e uma roupa negra decorada com nuvens vermelhas (simbolizando a chuva de sangue da Terceira Grande Guerra). Cada anel possui um símbolo diferente: 臨, 兵, 闘, 者, 皆, 陳, 裂, 在, 前, 空.[1]
Quando os integrantes saem à campo, trabalham em duplas, geralmente coletando informações e novos Jutsus, mas seu objetivo primário é a captura dos bijuus e hospedeiros, os ditos jinchuurikis. O bijuu possui tanto chakra e poder que o processo de extração é fatal para seu hospedeiro: os integrantes da Akatsuki se reúnem, seja por meio de projeção astral, feita pelo Jutsu Gentoshin no Jutsu, ou pela presença real no local; posicionam-se e executam uma técnica surpreendente, o Genryuu Kyuu Fuujin; com essa técnica o chakra do bijuu é extraído de seu Jinchuuriki e armazenado para uso posterior da organização.[2][3]
O anel dos integrantes da Akatsuki, um dos símbolos da organização, não pode ser retirado da mão enquanto o portador estiver vivo. Os anéis já existiam antes da organização, e são parte dos requisitos para se tornar um membro. Além de ter que possuir a joia, o aspirante também deve ser notavelmente forte e habilidoso. O décimo (10º) membro ainda não foi substituído oficialmente, visto que o anel de Orochimaru não está sob a guarda da Akatsuki.[4]
Atualmente a Equipe Taka (Falcão) se aliou a Akatsuki, para que assim consigam realizar suas metas, que em muito se cruzam. Porém Suigetsu, Karin, Juugo e Sasuke Uchiha não são oficialmente membros, já que não possuem os anéis.[5]
Tobi, após vencer Konan, recebe o poder do Rin'negan, que segundo ele, já pertencia a ele desde o começo. Também passa a usar uma máscara com dois furos, para os dois olhos, e uma marca pintada, na altura da testa, representando os 3 pontos do Sharingan. 
A organização passou a reunir ninjas com habilidades únicas e muito poderosas. Inicialmente seu objetivo era o de coletar dinheiro para a organização poder se manter, onde quem administrava o dinheiro era um dos dez membros, Kakuzu. A segunda meta era a de criar uma maneira de conseguir capturar os bijuus, com isso veio a criação de um dos mais poderosos Fuuinjutsus, o Genryuu Kyuu Fuujin, a Akatsuki irá causar as guerras entre as Grandes Nações ninjas eles não irão pertencer a nenhuma nação, eles irão somente preparar os ninjas mercenários para a guerra, sendo contratados para cumprir cada batalha cada um por si, por uma baixo preço, e quando estiverem na liderança do Mercado da Guerra usando o poder dos bijuus irão causar grandes guerras à altura do mercado, em consequência disso tudo, controlando cada guerra criando um domínio no monopólio da guerra, destruindo o sistema de vilas ninjas das Grandes Nações, forçando os países a depender da Akatsuki, e com isso, o terceiro e último objetivo, controlar o mundo.[6]
Olho da Lua é o misterioso plano de Tobi e o objetivo final dele na Akatsuki. Há muito tempo atrás um sacerdote chamado Eremita dos Seis Caminhos trouxe a paz ao mundo, selando uma criatura em si mesmo, através de uma técnica que ele criou, essa técnica fazia de um ser humano recipiente de um bijuu, essa criatura era conhecida como Jūbi (十尾? lit. Dez Caudas). Ele foi o jinchuuriki da Jūbi, e o primeiro jinchuuriki. Mas o sacerdote sabia do perigo: se morresse a Jūbi sairia do seu corpo e voltaria a assolar o mundo ninja. Sendo assim, ele dividiu a Jūbi em nove partes, os nove bijuus conhecidos. Depois ele se explodiu no céu, criando assim a Lua, onde estava o último pedaço da Jūbi. Madara pretende pegar os nove bijuus e juntar com o último pedaço da Jūbi, que está na Lua, e assim ser seu Jinchuuriki. Depois pretende fazer o Jutsu: "Tsukuyomi Infinito" a partir do qual a Lua se tornaria um olho com Sharingan gigante e todas as pessoas iriam ficar sob seu controle.[7]
